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2001年あなたのNo1論文は?

1 ::01/12/22 06:02
下記のスレから引っ越してきました。
http://cheese.2ch.net/test/read.cgi/life/1006034247/701-800

今年の一番気に入った論文と、その理由など教えてください。

2 ::01/12/22 06:08
まずはいいだしっぺから。
元スレにも書きましたが、
Dev Cell 2001 Dec;1(6):749-758
DNA Methylation Is a Critical Cell-Intrinsic Determinant of Astrocyte
Differentiation in the Fetal Brain.
Takizawa T, Nakashima K, Namihira M, Ochiai W, Uemura A, Yanagisawa M,
Fujita N, Nakao M, Taga T.
時代はエピゲネ。(反論こわあー)
(理由)
細胞がどのように多能性から運命を絞っていくのかを示唆して
いて、神経幹細胞を使ったものとしては独創性がある点。

3 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/22 21:05
age

4 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/22 21:59
そういうの「鉄銅実験」って言わなかったっけ?
「鉄では・・・でした、そこで銅で試したところ・・・でした」

5 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/22 22:03
似氏皮先生、真似させてくれてありがと、ってか?

6 ::01/12/22 23:52
>>4
ではその「鉄」に相当する論文は?CD4のやつあたりですか?

>>5
藍地の先生のことですか?

7 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/23 00:08
お!
良く知ってるじゃん。
関係者?

8 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/23 00:09
似氏皮大先生はもちろん京都

9 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/23 18:53
盛り上がらんね。糞スレの予感。
嗅覚関係はどうよ。

10 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/23 19:11
味覚関係は?

11 ::01/12/23 19:25
>>9
今年はMombaertsは比較的静かでしたね。昨年は独壇場でしたが。
少し方向転換して発生工学全般に手を伸ばしてる感じですね。
なにかほかのラボでいい論文ありましたかね?

>>10
味覚の研究はピックマーケットですね。生活習慣病の大部分が
これに端を発してると見ることができますし。「塩辛さ」の
レセプターってまだクローニングされてませんか?

12 ::01/12/23 20:51
>>10
味覚のおもろい(?)論文発見。
Greg Nelson, Mark A. Hoon, Jayaram Chandrashekar, Yifeng Zhang,
Nicholas J.P. Ryba, and Charles S. Zuker
Mammalian Sweet Taste Receptors
Cell 2001 106: 381-390.
ラストオーサーの苗字がドイツ語の砂糖に似てませんかね。

13 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/23 21:25
どーしても盛り上がらんね。ま、ランキングしても仕方ないからな。
糞スレ確定か。
>>1
読みもせず、適当にいうのはどうかと思うぞ。

14 ::01/12/23 21:44
ランキングするつもりははなから無いのです。
馴染みの無い分野での論文を紹介して欲しい、というのが本音。
>>13
確かに糞スレになりそうだね。(2Chの限界かのう?)
味覚レセプターの論文はちょっと読んだことがあったので紹介。
嗅覚レセプターのようにalleic exclusionが働いているのかに
注目してたのだが、まだそこまではわかっとらんようですね。
ついでに13さんも一票投じて頂戴。

15 :13:01/12/23 22:18
Reizes O, Lincecum J, Wang Z, Goldberger O, Huang L, Kaksonen M,
Ahima R, Hinkes MT, Barsh GS, Rauvala H, Bernfield M.
Transgenic expression of syndecan-1 uncovers a physiological
control of feeding behavior by syndecan-3.
Cell. 2001 Jul 13;106(1):105-16.
生理活性物質の効果を調節しているこの種の糖タンパクに関する研究は
今後も増えると思われ。本当の役割はよく分かんないんだろうけどね。
Dr. Barshは凄い人、勉強になる。

16 ::01/12/24 00:07
13さん、さっそくありがとう。
教えて頂いたペーパー、題名だけは覚えてました。むかし(10年前)、
FGFに興味をもっていたので、意外なタイトルやなと。
ふと、当時日本の学会(神経科学?)で、食事をするとCSFのFGF2が
100倍になる、という発表があったのを思い出しました。そんときは、
「そんなアホな」と聞き流しましたが、この論文を見てると何らかの
関係があってもよさそうな気がしてくるから、不思議です。

17 :13:01/12/24 00:43
>>15 今後も->今後
10年って、随分昔の話だね。私はMC。

18 ::01/12/24 05:26
MCってなあに?
13さんとのキャッチボールもいいけど、本当に他に論文読んでる
ひといないの?

19 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/24 13:15
ではdqn学生ですが一つ。(あまり自分の専門分野じゃないですけど)

Nature, 410, 174-
Defining brain wiring patterns and mechanisms through gene trapping in mouse
Leighton PA, Mitchell KJ, Goodrich LV, Lu X, Pinson K, Scherz P, Skarnes WC, Tessier-Lavigne M

これで今後、様々な神経回路の形成機構などが見えてくるはず。
これまでよりもずっと明確に。
ハエよかずっと扱いにくいんだろうけど、
ハエで回路やってもなぁ、って感じなんで。

他の人の今年のNo.1聞きたいから書きました。
あと、>>12の論文は穴だらけで非常につまらないですが、
次の論文はもしかしたらその穴の部分で面白いのが出てくるかもしれないなっと思いました。

20 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/24 14:41
sage

21 ::01/12/24 18:09
>>19
本当に学生?

マウスではパターン形成の仕事の素地があるので、次はそれが
如何に回路に発展するのかが特に面白いですね。うちのラボでも
以前ジーントラップやってましたが、膨大な仕事量です。
あの論文のセカンドラストオーサーは、昔からずっとそれ一本
のひとです。ベクターの工夫などは面白いですね。
今後は、ESの段階でもっと合目的的にプレスクリーンが可能に
なるでしょうから、もっともっと面白いもの出てくるでしょう。
小生も完全に忘れてた論文でした。ありがと。

22 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/24 18:21
結局CNS論文だよね。

23 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/24 18:22
MC=master course
回路形成っていうよりは、神経系の細胞の分化なんじゃないの。
ハエで回路やってもいいじゃん。知りたいのは分子メカニズムでしょ。

24 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/24 18:33
ハエで使われてる分子と哺乳類とでは違うこともあるからな。

25 ::01/12/24 18:48
>>23
>>24
回路形成には、内因性の情報(その細胞がどういう細胞になるポテンシャル
をもってるか)と環境因子(運動ニューロンでも標的になる筋がないと
死滅しますね)が必要ですよね。その基本メカニズムは確かにハエでも
見れるでしょうね。また一方では、(特に脳においては)神経同士の回路
がいろんな神経活動(神経変性)を理解する上で重要だと思うので、マウス
で敢えてやってみる必要もでてくるんでしょう。

>>22
最初に挙げたのはDCです。22さんもCNS以外で(もう?)一票あります?

26 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/24 19:33
>>24
違うこともあるが、同じ場合のほうが多い。だから、ハエでやっても
駄目ということにはならない。

27 ::01/12/24 19:43
ここではまだハエの論文が出てきませんね。
もとスレにはこんなんも紹介されましたよ。
Cell 2001 Aug 24;106(4):511-21
Drosophila neuroblasts sequentially express transcription factors which specify the temporal identity of their neuronal progeny.
Isshiki T, Pearson B, Holbrook S, Doe CQ.

28 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/24 19:51
>>26
その違いが分からないハエ研究者は駄目。

29 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/24 20:17
回路のレベルになると、人と猿でもかなり違うから、マウスと人では
全く別物といってもいいかもしれない。

30 ::01/12/25 21:31
我田引水でも結構。論文紹介よろしく。
(と、おもむろにアゲたりして・・・・)

31 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/25 21:34
>>29
同意。その辺りの種差が結構重要だったりする。

32 ::01/12/25 21:42
>>29
確かにマウスで解っているつもりだったのが、ヒトで見ると違った
りする例は枚挙にいとまないですね。
あくまでも実験的アプローチが可能なマウスで「あたり」をつけ
ておいてから、ヒトでも確認をとって臨床応用しないとあかんわ。
1999年にCellで「精神分裂病」のマウスモデルっていうのもあった
けど、かなり強引でないかなという印象をもった記憶があります。

33 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/25 22:29
分子機構は大体同じでも、それらの生体内の役割は結構違う(たぶん)。哺乳類に
属する動物は共通のツールボックスを持っているが、道具の使い方はそれぞれとい
う表現を、遺伝学者はよく使う。

一票
Maejima T, Hashimoto K, Yoshida T, Aiba A, Kano M.
Presynaptic inhibition caused by retrograde signal from metabotropic
glutamate to cannabinoid receptors.
Neuron. 2001 Aug 16;31(3):463-75.
ポストからプレへの逆行性シグナルによるシナプス抑制は昔から知られていた。
その機構をおそらく初めて分子レベルで示した研究。

34 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/26 09:35
>>29
>>31さんの仰る意見も分かりますが、
回路の使い方ではなく、形成過程は哺乳類間でかなり保存されていると考えます。
しかし、ハエは哺乳類と発生過程が全く別物ですよね。
その点、マウスでは哺乳類間でよく保存された脳の発生過程を辿るわけですから、
その機構を研究することは重要だと思います。

>>33
同様の論文をNicollがNature出してますね。
Natureの方はかなりセンセーショナルに取り上げられていましたが、
狩野先生の方がずっとしっかりやってらっしゃるようですね。
どちらが元なんでしょうか?

35 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/26 09:42
一応記念碑として。
NATURE VOL.409 15 FEBRUARY 2001

36 :名無しゲノムのクローンさん:01/12/26 15:56
>>34
出来上がりが違うなら、自然に考えると形成過程も違うと思うよ。
素過程に関与する分子部品は保存されているだろうけど、使い方は種によって
違う。だから、いろんな生物ができてくるんじゃないの。
保存性が重要なのだったら、過程より、構成分子・分子機構が重要になるかと。

37 ::01/12/26 17:37
>>33
神経科学の王道を行くペーパーですね。電気生理は苦手ですが、
がんばって読んでみよう。
例えば10年ぐらい前と比べると、日本のラボの健闘が目立つように
なった気がします。いいことだ。

免疫関係のひと、どうですか?

38 ::01/12/27 19:36
癌研究者さん?

39 :1:02/01/19 06:32
無理矢理アゲ

40 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/19 10:54
>>5-6
どういう意味?

41 ::02/01/19 17:59
エピゲネで有名なニシカワ先生は日本には2人いらっしゃる
みたいです。(京都と愛知)

CD4云々は、昨年の論文
Epigenetic silencing of CD4 in T cells committed to the cytotoxic
lineage.  Nat Genet. 2001 Nov;29(3):332-6.
の事を言ったつもり。

42 :親切な人:02/01/19 18:01

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43 :2001年はヒューマニン発見の年:02/01/19 18:08
Hashimoto Y, Niikura T, Ito Y, Sudo H, Hata M, Arakawa E, Abe Y, Kita Y, Nishimoto I.
Detailed characterization of neuroprotection by a rescue factor humanin against various Alzheimer's disease-relevant insults.
J Neurosci. 2001 Dec 1;21(23):9235-45.

Hashimoto Y, Niikura T, Tajima H, Yasukawa T, Sudo H, Ito Y, Kita Y, Kawasumi M, Kouyama K, Doyu M, Sobue G, Koide T,
Tsuji S, Lang J, Kurokawa K, Nishimoto I.
A rescue factor abolishing neuronal cell death by a wide spectrum of familial Alzheimer's disease genes and Abeta.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2001 May 22;98(11):6336-41.

Hashimoto Y, Ito Y, Niikura T, Shao Z, Hata M, Oyama F, Nishimoto I.
Mechanisms of neuroprotection by a novel rescue factor humanin from Swedish mutant amyloid precursor protein.
Biochem Biophys Res Commun. 2001 May 4;283(2):460-8.

44 ::02/01/20 00:11
順天堂のParkinと慶応のHumanin。
日本発の神経変性関連分子が大ブレイク!
(はいはい、他にもあるでしょう)
Humaninのノックアウトは2002年でしょうか?

45 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/20 00:34
humaninってネイティブに存在するの?
ネイティブに存在しないものはノックアウトできないよ。

46 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/20 00:57
parkin は慶応の清水教授とのチームで始めてから、論文になるまでがすごく早かったって聞いたよ。

47 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/20 01:44
>43
まともな判断力のある人で、Humaninの仕事を信じてる人はいないと思うけど。

48 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/27 22:53
humaninはミトコンドリア遺伝子にコードされてるんだよね?
それにpseudogeneだろ?

49 :ちゃれんじゃー ◆LIAprfpU :02/01/27 22:56
test


50 :>15:02/01/28 00:38
Dr. Bって結構偏屈おやじらしいよ。あ、でも
ニーレンバーグの弟子なんだってさ。あんまし
知られてないと思うけど。

51 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/28 02:05
Itteyoshi A, Omaemona, B, Hageshikuwarata C.

Identification of Yoshinoya and Sakuratan no erogazou.

Mol.Shikko.Unko. 2001 May 22;98(11):6336-41.


52 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/28 03:29
↑ Chottodake-Warata


53 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/28 03:31
>>52

Arigatou

54 : :02/01/28 03:56
ここ、論文がいっぱい載っています。
http://www.jstage.jst.go.jp/ja/


55 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/28 12:32
>>47
やっぱりネプリライシンともどもあぼーんか。でも追試でたんでしょ?>ふまにん

56 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/28 12:59
Correction

MEDICAL SCIENCES. For the article 窶廣 rescue factor abolishing neuronal cell death by a wide spectrum of familial Alzheimer's disease genes and A
ホイ窶 by Yuichi Hashimoto, Takako Niikura, Hirohisa Tajima, Takashi Yasukawa, Haruka Sudo, Yuko Ito, Yoshiko Kita, Masaoki Kawasumi, Keisuke
Kouyama, Manabu Doyu, Gen Sobue, Takashi Koide, Shoji Tsuji, Jochen Lang, Kiyoshi Kurokawa, and Ikuo Nishimoto, which appeared in number 11,
May 22, 2001, of Proc. Natl. Acad. Sci. USA (98, 6336窶6341), the following should be noted. First, the GenBank accession no. of HN cDNA is
AY029066, not YA029066. Second, the authors admit that the paper lacked sufficient discussion regarding the implications of the findings. There is no
proof that the HN cDNA represents a gene, that its origin is nuclear, or that the HN peptide is produced in vivo. The information that the long HN
cDNA sequence is virtually identical to mitochondrial rRNA should have been put in the Discussion rather than published as supplementary material.
The Discussion should have contained the following:

The long cDNA [1,567 bp including a poly(A) tail] containing the HN ORF is >99% identical (1548/1552) to positions 1679窶3230 of mitochondrial DNA
(GenBank accession no. AB055387).

57 ::02/01/28 16:53
う〜ん、確かに不可思議ですね。ノックアウトもちょっとできんわな。
これで強制発現系にもっていったら、RNAi効果でミトコンの翻訳が
少し押さえられるかも。ペプチドで効く場合は、逆にそこから変性
オリゴでも作ってライブラリースクリーニングをかけ直すと、また
別物が取れたりして・・・

58 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/28 19:47
DQNの一翼はゲノム屋が担ってることは間違いない(w

59 :このへんは、どうなの?:02/01/28 21:19
Okamoto T, Takeda S, Giambarella U, Murayama Y, Matsui T, Katada T, Matsuura Y, Nishimoto I.
Intrinsic signaling function of APP as a novel target of three V642
mutations linked to familial Alzheimer's disease.
EMBO J. 1996 Aug 1;15(15):3769-77.

Yamatsuji T, Matsui T, Okamoto T, Komatsuzaki K, Takeda S, Fukumoto H, Iwatsubo T, Suzuki N, Asami-Odaka A, Ireland S, Kinane TB,Giambarella U, Nishimoto I.
G protein-mediated neuronal DNA fragmentation induced by familial Alzheimer's disease-associated mutants of APP.
Science. 1996 May 31;272(5266):1349-52.

Ikezu T, Okamoto T, Komatsuzaki K, Matsui T, Martyn JA, Nishimoto I.
Negative transactivation of cAMP response element by familial Alzheimer's mutants of APP.
EMBO J. 1996 May 15;15(10):2468-75.

Yamatsuji T, Okamoto T, Takeda S, Murayama Y, Tanaka N, Nishimoto I.
Expression of V642 APP mutant causes cellular apoptosis as Alzheimer trait-linked phenotype.
EMBO J. 1996 Feb 1;15(3):498-509.

Nishimoto I, Okamoto T, Matsuura Y, Takahashi S, Okamoto T, Murayama Y, Ogata E.
Alzheimer amyloid protein precursor complexes with brain GTP-binding protein G(o)
Nature. 1993 Mar 4;362(6415):75-9.

60 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/28 23:32

RachelN says, "One of the very interesting things about the interaction of APP and C100 with N-Pak is that it ties in with Nishimoto's work showing activation of Go"

KieranB says, "Is there some interaction between N-Pak and Go?"

RachelN says, "yes."

DavidS says, "I would like to get an exact idea of what your model is. Can you piece it all together, G0, PAK, APP etc. ?"

JohnW says, "How does N-Pak and Go interact simultaneously with C100?"

RachelN says, "It is known that N-Pak is immediately downstream of beta/gamma subunits of activated G proteins like Go."

DavidS says, "What binds to what and how do they work in sequence?"

RachaelN says, "this is what we need to know, and we would appreciate help from anyone who has experience with kinases. I think that APP probably does not bind directly to Go, because
Nishimoto has never shown to my satisfaction that it does. However, I do think he's correct that APP activates Go in some way. I think that APP activates Go ...let me think a moment."

DavidS smiles broadly

RachaelN says, "it is possible that APP binds to N-Pak only when it activates the beta/gamma subunit of Go. That is my present working hypothesis."

RachaelN says, "Nishimoto has a paper in press showing that the apoptotic effects of APP mutants (FAD) are mediated through the beta/gamma unit of Go."

RachaelN says, "I find this intresting because one endpoint of N-Pak activating is known to be apoptosis."



61 :名無しゲノムのクローンさん:02/01/29 10:41
>>56のつづきあるぢゃん。

Nonetheless, it remains possible that HN cDNA represents a nuclear
transcribed mRNA and that the HN peptide is a natural product.
Long regions of the HN cDNA are >99% identical to certain registered
human mRNAs [1545/1553 at positions 14-1580 of FLJ22981 fis cDNA (AK026634),
925/929 at positions 1-929 of FLJ22517 fis cDNA, 914/919 at positions 1348-2266
of FLJ20341 fis cDNA, and 345/346 at positions 1-346 of PNAS-32 mRNA].
PNAS-32 mRNA is actually expressed to produce NB4 apoptosis-related protein,
showing that this mRNA is transcribed from a nuclear gene.
In addition, HN cDNA is highly similar to regions of more than 1,000 bp on
human chromosomes [positions 245364-244075 of chromosome 11 draft sequence
(92%, 1198/1290), positions 65752-66775 of chromosome X draft sequence
(95%, 974/1025), and positions 687598-688608 of chromosome 5 draft
sequence (93%, 954/1016)]. Also, the HN ORF has a Kozak-like sequence,
although it is not canonical.

62 ::02/01/30 04:57
>>58
解説キボンヌ。

63 ::02/01/31 07:23
実は少し迷ってる。これもいいなあ。
Cell 2001 104: 861-873.
Groucho-Mediated Transcriptional Repression Establishes Progenitor
Cell Pattern and Neuronal Fate in the Ventral Neural Tube

64 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/05 21:16
>>58

俺もキボンニュ

65 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/05 21:42
61を削って56しか書かないのは悪意丸出しだなw

66 ::02/02/06 05:02
Humanin論議はこれくらいにして、みなさんの「No1論文」を
教えてくだされ。

67 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/09 23:40
ここまで議論が多いってことは、ヒューマニンはよっぽど怪しいのか?

それともよっぽどインパクトがあって、なおかつ正しいのか?

オレにはわからん。

68 :1:02/02/10 04:29
>67
思い入れはそれぞれだから、やはり関係者からの投稿だったんでしょうね。
このスレはそれで十分ですけどね。
まあFISHすれば白黒すぐつくんだろうから、もうちょっと待ちましょう。

69 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/10 10:37
アルツとか、神経変性疾患屋は粘着質が多い。
 
 

70 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/10 11:46
ファーストは、一報アクセプトになったのみ・・・2001年中には出なかった・・



71 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/10 17:41
Suzuki A, Obata S, Hayashida M, Kawano H, Nakano T, Shiraki K.
SADS: A new component of Fas-DISC is the accelerator for cell death signaling and is downregulated in patients with colon carcinoma.
Nat Med. 2001 Jan;7(1):88-93. Retracted publication.

このへん、関係者はどうなったの?

72 :1:02/02/10 18:04
>70
継続は力ですよね。

>71
製薬会社からなんですね。
しかしデータは何重にもチェックしないとなあ。明日は我が身にならん
ように気をつけよう!

73 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/12 13:31
N本先生、学位とったのは慶應医教授に着任してからだったんだ、、、

西本,育夫  ニシモト,イクオ
家族性アルツハイマー病に連関するアミロイド前駆体蛋白変異体による神経細胞死プログラム 
乙13430 1997.06.25 論文博士
  

74 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/12 21:15
あまり知られていないが、N本センセにはNeuronの1st論文がある。

NISHIMOTO I, WAGNER JA, SCHULMAN H, GARDNER P
"REGULATION OF CL- CHANNELS BY MULTIFUNCTIONAL CAM KINASE"
NEURON 6: (4) 547-555 APR 1991

そう、かつては電気生理研究者(チャネラー)だった。

75 ::02/02/17 07:06
100いくまではアゲでもいいかな?

76 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/17 07:30
>>73
誰が主査、副査?

77 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/17 23:04
下らないスレ

78 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/18 01:38
>77
「さがらないすれ」と読んでいいんですよね。
しかしぼちぼち「2002年あなたのお薦め論文は?」に
改名しようかな。

79 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/18 02:44
2002は俺のN論文だな。
待っててくれ。

80 ::02/02/18 02:49
なら漏れは夢も大きく、C論文だ!
79さんもNがんばってくれよ。

81 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/24 04:09
agetokundeyorosiku

82 :名無しゲノムのクローンさん:02/02/24 04:32
1さんへ
各スレになるまで頑張って下さい。

83 :79:02/02/24 07:52
マイナーリビジョンだ。ひゃっほう。

84 ::02/02/24 17:55
>83
おめでとう!!!!
気が向いたら、こそっと紹介してくれ。

85 ::02/03/03 06:53
誰もがみんなCNSとはいかんでしょう。
私の論文はCNSじゃないが、自分の分野では重要と思ってる論文を
どんどん紹介して欲しいな。

86 :SOHO:02/03/03 22:53
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87 ::02/03/04 02:32
>86
JBCなんかはpdfファイルにして投稿するんでなかったですか?
Acrobatを買うよりは安くと意味でしょうが、研究のプロは依頼しないんじゃ
ないの?

88 ::02/03/08 06:27
本気で続編を立てようかな?
なんかいいキャッチコピーありませんか?

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